Em 1885, Cruz e Sousa assumiu a redação do jornal O Moleque, periódico semanal de caráter crítico, literário e “bem humorado”, criado em 1884. No cargo de redator-chefe desse semanário, deu vazão a toda a sua verve crítica e envolveu-se em inúmeras polêmicas, criando muitos desafetos entre a elite local. Com postura sempre a favor de causas liberais e progressistas, O Moleque registra a militância antiescravista de João da Cruz e Sousa em Desterro.
Durante sua viagem pelo Brasil, tinha presenciado a escalada da campanha abolicionista, que, desde o início da década de 1880, angariava público por meio da promoção de comícios e recitais, da publicação de jornais, panfletos e outras obras, em paralelo à militância política no Parlamento imperial. O abolicionismo se colocava como uma das reformas necessárias para o País trilhar os rumos do progresso. André Rebouças defendia que a abolição fosse acompanhada de distribuição de terras. Diversos militantes abolicionistas eram também republicanos. Longe de serem unanimidade, os militantes abolicionistas enfrentavam dura resistência por parte dos proprietários de escravos, que detinham grande influência no governo e no Parlamento.
Em 1884 e 1885, a campanha abolicionista estava em um momento crucial, visto que se debatia o projeto de lei que emanciparia os escravos sexagenários. O país já tinha se inflamado durante a discussão do projeto da Lei do Ventre Livre, em 1870 e 1871, e, agora, o embate girava em torno da indenização que os senhores esperavam receber pela libertação dos escravos, coisa que os abolicionistas mais radicais buscavam evitar.
Como redator d’O Moleque, Cruz e Sousa trouxe à tona várias facetas da campanha abolicionista. Uma delas era a desnaturalização da posse de escravos. Anúncios de compra e venda de escravos, castigos físicos e outras demonstrações de maus tratos eram divulgados para causar constrangimento àqueles que ainda possuiam escravos. Exemplar desse espírito é o caso envolvendo o comerciante de águas Estevão Brocardo que recebeu ampla atenção do jornal O Moleque.
Em Desterro, assim como em outras cidades do Império, houve a fundação de grupos, ou clubes abolicionistas integrados por pessoas da chamada “boa sociedade”. Organizavam festas, quermesses, bazares e rifas muito concorridos e populares cujo objetivo era angariar fundos para alforriar escravos indenizando seus senhores. Tais atos de “benevolência” eram frequentemente registrados nos jornais. Cruz e Sousa alfinetou os responsáveis pelo Clube Abolicionista, que não prestavam contas dos fundos arrecadados.
Nos últimos anos da escravidão, quando as fugas em massa e desobediência coletiva dos escravos assustavam os senhores nas regiões de grandes fazendas e os tribunais assistiam à multiplicação de ações de liberdade, a campanha abolicionista em Desterro manteve, ao que parece, o espírito de emancipação gradual baseada na indenização dos senhores.
Depois da Abolição, Cruz e Sousa partiu para o Rio de Janeiro. Como muitos outros intelectuais de sua geração, acreditava que lá teria mais chances profissionais. Ao contrário do que esperava, no entanto, nos novos tempos, o novo regime discriminava a todas as pessoas de origem africana como se fossem recém-egressas do cativeiro, incapazes, incultas e indesejáveis. Faleceu de tuberculose em 1898.